Factura electrónica en el transporte de carga: quién le factura a quién

En un viaje de carga hay dos facturas posibles, y cada una va en una dirección distinta. La empresa de transporte le factura el flete al dueño de la carga, y el dueño del camión le factura a la empresa el valor a pagar. La primera tiene que pasar por el Registro Nacional de Despachos de Carga (RNDC); la segunda, solo si el dueño del camión quiere.

La factura del flete: de la empresa al dueño de la carga

La empresa de transporte habilitada que esté obligada a facturar le expide la factura electrónica al generador de la carga, que es el remitente o el destinatario que contrató el transporte. Es la factura del sector transporte que define la DIAN, y lleva el consecutivo y el radicado de las remesas que factura.

Además de enviarla a la DIAN, la empresa la registra en el RNDC: carga el archivo XML de la factura, firmado, y con eso reporta el valor del flete. Este registro es obligatorio desde el 22 de febrero de 2024 (Resolución 20263040016075 de 2026, artículos 13 y 18).

Los plazos

El manual del RNDC, que es el anexo de esa resolución, pone estos plazos:

• Facturar. Las remesas se facturan dentro de los cinco días siguientes a la entrega de la mercancía en el punto de descargue. La empresa y el generador pueden pactar otro plazo, que el generador tiene que reportar en el RNDC antes de que se expida la remesa, y que no puede pasar de 90 días.
• Aceptar. El generador de la carga acepta la factura en el RNDC dentro de los cinco días hábiles siguientes a ese plazo. Si no lo hace, el sistema la acepta solo, siempre que el flete de cada remesa no esté por debajo del SICE-TAC. Desde el 1 de enero de 2025, esa aceptación es la forma en que el generador cumple su obligación de registrar el flete.
• Rechazar. Si el generador rechaza el valor del flete, las remesas de esa factura vuelven a quedar pendientes por facturar, y la empresa tiene que corregirlo.

Los dos controles del 20 %

El RNDC frena a la empresa que se atrasa con las facturas:

1. Remesas sin facturar. Si las remesas cumplidas hace más de cinco días hábiles, o más del plazo pactado, sin el flete registrado en una factura pasan del 20 % de las remesas cumplidas en los últimos 30 días, el sistema no deja expedir remesas nuevas.
2. Facturas sin aceptar. Si las facturas de la empresa sin aceptar, con más de cinco días hábiles desde que se radicaron en el RNDC, pasan del 20 %, el sistema tampoco deja expedirle remesas nuevas a ese generador.

Para el dueño del camión esto importa porque una empresa bloqueada no despacha viajes.

La factura del valor a pagar: del dueño del camión a la empresa

El dueño del camión, que en el RNDC se llama titular del manifiesto, le cobra a la empresa el valor a pagar del manifiesto. Si está obligado a facturar electrónicamente según las normas de la DIAN, le expide la factura a la empresa por ese valor.

Registrar esa factura en el RNDC es opcional para el titular del manifiesto, aunque esté obligado a facturar (artículo 13 de la Resolución 20263040016075 de 2026). Si la registra, el sistema rechaza la factura cuyos valores no coincidan con los del cumplido del manifiesto.

Si usted es persona natural, estar obligado o no a facturar depende de sus ingresos y de las condiciones del artículo 437 del Estatuto Tributario para los no responsables de IVA. Revíselo con su contador: la respuesta cambia de un dueño de camión a otro.

El IVA y la retención en la factura

El servicio de transporte nacional de carga está excluido de IVA (Estatuto Tributario, artículo 476, numeral 9, según el Concepto DIAN 1516 de 2024), así que la factura del flete no lleva IVA. Lo que sí hay es retención en la fuente: si quien paga es una persona jurídica o una sociedad de hecho, le retiene el 1 %. Cuánto le pueden retener y cuáles retenciones se recuperan está en retenciones en el transporte de carga.

Las reglas de la DIAN, en una sola norma

La factura electrónica de venta, el documento soporte, la nómina electrónica y el registro de la factura como título valor en RADIAN están hoy en la Resolución Única 000227 de 2025 de la DIAN, en la Parte 1, Título 5. Si factura poco, la DIAN tiene un servicio gratuito de facturación electrónica.

Errores que cuestan plata

1. Facturar tarde. Pasados los cinco días, la remesa cuenta para el control del 20 %, y una empresa bloqueada no despacha.
2. Facturar con un valor distinto al del cumplido. El generador lo puede rechazar, y en la factura del titular del manifiesto el RNDC la rechaza solo.
3. Ponerle IVA al flete. El transporte nacional de carga está excluido; una factura con IVA es una factura para anular.
4. Olvidar la retención. Si su cliente es persona jurídica, le va a retener el 1 %. Facturar como si fuera a recibir el valor entero hace que la cuenta nunca cuadre.

Preguntas frecuentes

¿Quién factura el flete?

La empresa de transporte habilitada se lo factura al generador de la carga y registra la factura en el RNDC. El dueño del camión, si está obligado a facturar, le factura a la empresa el valor a pagar del manifiesto.

¿En cuánto tiempo hay que facturar una remesa?

Dentro de los cinco días siguientes a la entrega de la mercancía en el punto de descargue, salvo que la empresa y el generador hayan pactado otro plazo, que no puede pasar de 90 días.

¿Qué pasa si el cliente no acepta la factura en el RNDC?

Si no la acepta ni la rechaza en los cinco días hábiles siguientes, el RNDC la acepta solo, siempre que el flete no esté por debajo del SICE-TAC.

¿La factura de un flete lleva IVA?

No. El transporte nacional de carga está excluido de IVA según el numeral 9 del artículo 476 del Estatuto Tributario.

Cómo se hace en Flete

En Flete, la factura electrónica de venta sale de los viajes que usted elija, con el cliente y el manifiesto que ya estaban registrados: cada renglón dice “Transporte de carga. Manifiesto #” con su número, sin IVA y con la retención en la fuente. Flete también le muestra los viajes que le faltan por facturar, y los documentos llegan a la DIAN a través de Factus, el proveedor tecnológico de facturación electrónica. El paso a paso está en la ayuda: facturar uno o varios viajes.

Hoy la factura de Flete es la factura de venta estándar: le sirve al dueño del camión que le factura a la empresa de transporte, o a quien factura servicios que no pasan por el RNDC. La factura del sector transporte que la empresa habilitada registra en el RNDC todavía no la emite. Qué programas emiten esa factura, y cuáles la de venta, con su precio, está en facturación electrónica en el transporte de carga: los programas.

Esta guía es informativa y no reemplaza la asesoría de un contador. Las normas citadas estaban vigentes el 13 de octubre de 2026.